水族造景中常常用到兩種細菌，一種是硝化細菌，另一種則是光合細菌。
一、引進細菌的作用
將一些凈化水質的細菌引進水族箱，是一件簡單而有效的凈化水質的方法，對于目前盛行的家庭飼養(yǎng)觀賞魚等生物提供了極其方便的水質管理方式，頗受水族愛好者喜愛。但在使用這類產品時，也必須注意若干問題，以免降低了預期效果。
一般而言，只有在使用環(huán)境和使用對象符合細菌的生理、生態(tài)特性時，才能發(fā)揮其凈水作用。否則，很難獲得預期效果。為了能讓這些有益的細菌細菌充分發(fā)揮凈水作用，在使用上，通常必須注意下列問題：
1.水中有有機污染源
凈水細菌是靠水中有機污染而存活的，如果因為水中沒有污染源存在，它們就無法長期生存。因此，在新水階段就加入細菌是否有效，是值得研討的。
2.勿與消毒殺菌藥劑同時使用
為了避免凈水細菌被殺滅，切記勿與消毒殺菌藥劑同時使用，如果必須使用殺菌藥劑或治療魚病的藥劑，需等藥物使用至少一星期以上再進行使用凈水細菌。
3.要注意調整適合細菌生長的溫度
在凈水細菌的使用過程中，能有效地控制在最適宜的水溫條件下，當然其發(fā)揮的效果也是最理想的。例如：光合細菌在23-29℃的范圍內均能正常生長繁殖，當水溫低于23℃時，它們的生長逐漸停滯，因此低于23℃的水族箱使用這類細菌效果較差。
4.要注意調整適合細菌生長的pH值
在凈水細菌的使用過程中，必須注意水質酸堿度pH的變化。例如：淡水硝化細菌在pH值等于中性時的效果最佳，在酸性水質中效果最差，因此若能將水族箱中的水質調整至中性或弱堿性，它的凈水效果會好一些。而光合細菌在pH值8.2-8.6的水質中最具效果，所以它比較適合用于海水水族箱中的使用。
5.要注意細菌之間的共容性
若要同時放養(yǎng)不同的凈水細菌應該注意細菌之間的共容性。例如：硝化細菌和光合細菌并不適合同時放養(yǎng)在同一水族箱內，因為它們凈化水質的過程互有抑制作用，可能會降低其凈化效果。
6.要為細菌提供足夠的可居住空間
如果只讓細菌生活于水族箱中可能無法滿足其繁衍上的需要，這會嚴重限止細菌的數量使其無法增加。因此，我們應該配合生化過濾系統(tǒng)為細菌細菌再創(chuàng)造更多的可居住空間供它們繁衍，以期待它們加速降低有害物質以及加強它們分解能力。
二、硝化細菌的特性和用途
硝化細菌，俗稱：A菌、硝化菌。適用于各種海、淡水的水質處理輔助。
水族箱中如果沒有硝化細菌的存在，必然會面臨氨含量的激增的危險，不論您采用何種方法或任何水族用品用品都不能徹底解決這個問題。當水中的氨濃度達到水族生物致命濃度時，對于任何一種水族生物而言，結果可能都是一樣的–那就是死亡，這時您一定會心疚不已。但如果水中含有足夠數量的硝化細菌為您不斷地解除水中的氨，則整個水族生態(tài)平衡系統(tǒng)的穩(wěn)定性將獲得確保，并使水族生物安全地生活于水族箱中。
硝化細菌是一種好氧細菌，能在有氧氣的水中或砂礫中生長，并在氮循環(huán)水質凈化過程中扮演著重要的角色。它們包括形態(tài)互異類型的一種桿菌、球菌以及螺旋型細菌，屬于絕對自營性微生物的一類，包括兩個完全不同代謝群：
1.亞硝酸菌屬（Nitrosomonas）：在水中生態(tài)系統(tǒng)中將氨消除（經氧化作用）并生成亞硝酸的細菌類；亞硝酸菌屬細菌，一般被稱為“氨的氧化者”，因其所維生的食物來源是氨，氨和氧化合所生成的化學能足以使其生存。
2.硝酸菌屬（Nitrobacter）：可將亞硝酸分子氧化再轉化為硝酸分子的細菌類。硝酸菌屬細菌，一般被稱為“亞硝酸的氧化者”，因其所維生的食物來源是亞硝酸（但也不一定是亞硝酸，其他有機物亦有可能），它和氧化合可產生硝酸，所生成的化學能足以使其生存。
因這些硝化細菌能將水中的有毒的化學物質（氨和亞硝酸）加以分解去除，故有凈化水質的功能。不過需要注意：硝化細菌在水質pH中性、弱堿性的環(huán)境下發(fā)揮效果最佳，在酸性水質中發(fā)揮效果最差。
水族市場出售的活性人造硝化細菌為一種霧狀溶液，含有高濃度活生生的硝化菌。在顯微鏡下觀察，每一滴溶液中所含的活菌數目多得難以計數。
硝化菌加入水族箱后，只要水質中的氨的濃度足夠，它們就可在砂床以及過濾系統(tǒng)中生長繁衍，并發(fā)揮它們凈化水質的生物功能，先將高毒性的氨氧化為低毒性的亞硝酸鹽，又將亞硝酸鹽再次氧化為更低毒性的硝酸鹽。硝酸鹽為水草的最佳氮肥，可作為水草的營養(yǎng)源。如此一來，水族生物便可以生活在一個無氨污染的環(huán)境中，水草也因獲得這些氮肥而能順利生長。
硝化菌是一種好氧性細菌，必需在有氧氣的狀態(tài)下才能生存，如果將它們密封于瓶中儲藏，它們是不可能長久生存的。此外，儲藏瓶中的食物（有機氮化合物）有限，因此也不能長久供應它們生存上的需求。一般情況下，硝化菌僅僅只能夠在瓶中儲藏3個月左右就會相繼死亡，所以在購買的時候要特別注意產品的有效性是否過期。
另外，在使用前搖晃均勻，并注意不要與消毒性藥劑或抗生素一起使用，使用后冷藏可延長有效使用期。
三、光合細菌的特性和用途
光合細菌，俗稱：B菌、光合成紅菌。適用于各種海水的水質處理輔助。
光合細菌是一種水中微生物，因具有光合色素，包括細菌葉綠素和類胡蘿卜素等，而呈現淡粉紅色，光合細菌能在厭氧和光照的條件下，利用化合物中的氫并進行不產生氧的光合作用。
光合細菌可以在某種污染環(huán)境下生存，并擔負著重要的凈化水質的角色。但只有在生存生存環(huán)境和污染物質符合其生理、生態(tài)特性時，才會發(fā)揮其作用，否則很難獲得預期。例如在無光或者有氧環(huán)境下，光合細菌就很難發(fā)揮效果。
在水族箱中由于高密度養(yǎng)殖，投餌不當造成的餌料過剩堆積、水族生物的排泄物等等，往往會造成底砂床有機物堆積過多，而使底砂床受到嚴重的污染。經底砂床上的微生物將有機質分解，會釋放出一些對水族生物有毒的物質，例如：氨、亞硝酸及硫化氫等等。當這些分解產物的濃度增加時，就會導致水族生物中毒死亡。
水族箱中若存在光合細菌，它將那些有機質或硫化氫等物質加以吸收利用，而使耗氧的異營性微生物因缺乏營養(yǎng)而轉為弱勢，因而降低發(fā)生有毒分解產物的機會，同時，底質中的水質借以得到凈化，而促使養(yǎng)殖的水族生物的健康成長。
目前，水族市場出售的光合細菌，主要是光能異營型紅螺菌科（Rhodospirilaceae），特別是其中的紅假單細胞屬（Rhodopseudomonas）的種類。這種光合細菌在不同的環(huán)境條件下，能以不同的代謝方式，有效地凈化水質。需要注意：光合細菌在水質pH8.2-8.6的環(huán)境下發(fā)揮效果最佳，因而比較適合在海水水族箱中使用。
同時需要注意：硝化細菌和光合細菌并不適合同時在同一水族箱中使用
