光合細菌可有效防止細菌、真菌感染和降解有害污染物，能防治動物的病蟲害和瓜果類腐敗及老化，延長貯藏期。光合細菌加入金魚的飼料中，成活率提高50%以上，加入對蝦池中發(fā)病率減少，對蝦苗生長正常，色澤好。用光合細菌喂雞,有增加肉用仔雞免疫功能的作用。當受到病原體（IBV）感染時，雞的抗體水平提高，發(fā)病減輕，雞體健康恢復(fù)較快，Y-球蛋白明顯升高。
光合細菌可作為果蔬保鮮劑，能抑制病菌引起的病害，對密桔和西瓜等的保藏有良好的作用,光合細菌防止病害的主要原因是因為它具有殺菌作用,能抑制其他有害菌群及病毒的生長；同時可防治魚蝦疾病，如鯉魚的鰓腐病，穿孔病、蝦的紅腿病，黑鰓病，并能激活機體的免疫系統(tǒng)，提高動物的免疫能力。
